公元1645年(清順治二年)清軍進(jìn)入西寧。清朝初年西寧行政建制仍沿襲明朝。1724年(雍正二年)清政府平定了發(fā)生在青海境內(nèi)的羅h藏丹津叛亂事件，第二年改西寧衛(wèi)為西寧府(治今西寧)，轄西寧(治今西寧市)、碾伯(治今樂都碾伯鎮(zhèn))二縣及大通衛(wèi)(治今門源縣城)。1761年(清乾隆二十六年)改大通衛(wèi)為大通縣(治今大通城關(guān))。以后又相繼建立了巴燕戎格廳(治今化隆)、貴德斤(治今貴德)、丹噶爾廳(治今湟源)和循化廳(治今循化)，到1829年(清道光九年)，西寧府轄三縣四廳，轄境包括茱部農(nóng)業(yè)區(qū)及黃南藏族自治州的大部分地區(qū)。西寧縣的轄地除今西寧市外，還包括今湟源、湟中、大通、互助、平安等，西寧一直處于河湟地區(qū)政治、經(jīng)濟(jì)、文化的中心和軍事重鎮(zhèn)的地位。
